구글 노트 기능을 써보세요.
블로그 처럼, 일짜별로 정리할 수 있고, 웹사이트를 링크할 수 있어요.
그리고, 태그와 라벨을 달 수 있고, 검색이 가능합니다.
그 정도면 충분하리라 보고요.

무엇보다도, 컴퓨터 수명이 짧아진 요즘에는 차라리 웹에 기록하는 것이 편리할때가 많아요.

  MS의 OneNote도 좋습니다.
doc, ppt등의 오피스문서를 비롯해
pdf, 그림, 웹사이트, 녹음, 메모 등 모든형태의 자료를 모아놓고 관리하는 제품입니다.
MS제품답게 오피스와의 통합기능이 막강합니다.
<a href=http://office.microsoft.com/ko-kr/onenote/HA101656661042.aspx target=_blank>http://office.microsoft.com/ko-kr/onenote/HA101656661042.aspx</a>

  웹에서 사용한다면 구글 노트보다
스프링 노트가 더 좋아 보입니다.
<a href=http://www.springnote.com/ko target=_blank>http://www.springnote.com/ko</a> 
 

  Treepad 추천합니다.

hyperlink기능이 잘 되어있고, 자신의 아이디어들도 자유로이 적을 수 있어서 자료 정리하고 논문쓸 때 아주 유용합니다.

  웹으로 정리하는게 대세인듯 싶네요.
개인적으로는 제 랩탑에서 아이디어 작업을 많이 하는데,
혹시 맥을 쓰시는 분이라면, Jonurler (<a href=http://journler.com) target=_blank>http://journler.com)</a> 라는 공개소프트웨어를 추천합니다.

  아 원노트가 있군요. 제가 상당히 관심있어 하는 프로그램입니다.  써봐야 하겠네요. 보아하니 원노트 모벌도 있는듯한데 윈도우스 모벌과 호환도 되겠군요.

다만 마소 제품이라 키노트, 페이퍼 같은 맥용 어플과의 호환성에서 떨어질 것 같습니다.

  키노트 페이퍼 같은 pdf 벡터 그래픽을 그대로 긁어다 붙여넣을 수 있죠. 확대 축소해도 안깨지고요. 이거 제대로 지원하는 OS는 현재 Mac OS X 뿐입니다. 저도 다른 건 리눅스로 해도 프리젠테이션만은 제대로 만들고 싶으면 키노트 씁니다.