읽은 논문정리

글쓴이
AIRE
등록일
2008-05-24 03:10
조회
13,017회
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댓글
39건
오랜만에 이곳에 왔네요. 뭐, 워낙에 띄엄띄엄 오는 처지라...
박사 받고 2년이 되어 가는데, 그사이 포닥도 하고, 스텝도 하다가 자리 잡아서 떠나게 되었습니다.
정리를 하다보니, 프린트 해놓은 것들이 산더미 처럼 나오는 군요.
보통 뽑아 놓은 논문들은 어떻게들 정리 하시나요?

랩에서 권장하는 방법은 읽은 순서대로 번호를 먹이고, 이 번호대로 reference program data base를 작성하는 것입니다. 만약 하드카피를 보관하고 싶으면, 이에 대한 워드 파일을 만드는 거지요. 만약 오늘 읽은 논문이 3012번 이면, 워드파일에 가서, #3012-저자들, 내용요약 이렇게 해서 프린트 해서 철해 놓습니다. 필요할때 요약을 보고 하드카피를 다시 보는 뭐 그런 시스템이랄까요?

저는 뭐랄까, 딴건 잘 지키는데, 이 룰은 잘 안지키는 편입니다. 하드카피는 뽑아 놓는데, reference program으로  data base를 안 만들구요. 번호도 안먹입니다. pubmed같은 data 가 워낙 잘 되어 있어서, 굳이 내 개인적인 data base 를 만들 필요성을 못 느끼겠더라구요.

하드카피도 주제 별로 모아서 철하는 편이구요(앞에 커다랗게 "AIRE gene" 뭐 이렇게 적어 놓습니다), 그러다 보니 오버랩 되는 논문이 두세편 뽑혀지기도 합니다. 그래도 주제별로, 한번에 관련 논문을 쭉 읽을수 있는 장점이 있고, 읽었을때의 logic을 따라갈수도 있어서 좋구요.... 하드카피에 낙서를 많이 하는 편이라, 그거 읽는것도 좋더라구요. 그 대신, 요약본을 따로 안만들다 보니, 하나하나 다시 읽어야 되구요, 리스트 파일이 없다보니, 읽다 보면, "어 이거 읽은 논문이네.." 하는 경우도 많습니다. 논문은 기억이 나는데, 어느주제에 카테고라이즈 되었는지 못찾을 때도 많더군요.

최근에, 아예 프린트를 안하고, 화면으로 볼까 하고 (자원을 아껴야죠..) 시도해 보았는데.... 급한 상황이 아니고서는, 도저히 화면으로 읽지를 못하겠더군요. 걍 프린트해서 보기로 했슴다. 다른 분들은 어떻게 정리하시는지 궁금하네요. 혹시 좋은 아이디어 있으시면, 제가 좀 이용해도 될지 모르겠네요. (^^).

PS 요약본 파일 만드는건, 석사때, 박사 시작할때, 최근에.... 7-8년에 걸쳐서 시도를 해 보았는데... 절대 안되더군요. 앞으로는 시도도 안할 작정입니다. 

  • 돌아온백수 ()

      이제는 그럴 필요도 없어요.

    Mac OS X 최신 버젼들은 컴퓨터에 내장된 모든 파일들을 키워드로 검색해 줍니다. 거의 실시간이에요.  읽지 않고 저장만 해두어도, 키워드에 걸리면 뜹니다.

  • 예진아씨 ()

      그리고 구글에서 검색되는 논문만 해도 전자출판 시대 이후의 논문들은 검색이 대부분 됩니다. 특히 IT 쪽과 관련된 분야의 논문들이 잘 검색되는 것 같습니다. 논문 전문을 온라인에서 다 얻을 수 없다 하더라도 검색에 노출시킨 다음에 pdf 파일을 판매하거나 전자저널 구독권을 기관 등에 판매하려 하기 때문이죠.

    JSTOR 라고 예전 고전 논문들 등을 디지털화해서 정리하는 곳도 있고요.

  • AIRE ()

      엥.... 제가 글을 이상하게 쓴 모양입니다. (컴터에 한글이 없어서, <a href=http://aim.anj.kr/ target=_blank>http://aim.anj.kr/</a> 에서 쓴후 긁어서 올리다 보니...) 논문 data base 야 언급했다 시피, pubmed로 안걸리는 biomedical 논문은 거의 없다고 봐야죠. 그럼에도, 개인적으로 reference manager 등으로  data base 를 만드는 이유는 논문을 쓸때의  cite의 수월성 때문이었는데요. 그나마, referecne에서 Pubmed나 web of science로 부터 바로 cite가 가능하기 때문에, 거의 필요가 없지요 (인문학 쪽은 여전히 data base 만드는게 큰 일이더군요).

    제 질문은 출력하여 읽으신 논문을 어떻게 관리 하시는가 였습니다. (^^) 혹시 출력하여 논문을 읽는건 완전히 구세대인건가요?? 하하..

  • -_-; ()

      히히 2년만에 자리를 잡았다는데 더 눈길이 갑니다...

  • 돌아온백수 ()

      인쇄해서 읽는다.... 그거 해본지 십년 넘은 듯....
    회사에서 그 버릇 고쳤죠. 인쇄도 낭비거든요.

  • AIRE ()

      하하... 그렇군요. 저를 과대평가하는 지도교수 덕이지요.
    중부를 떠나 남부로, 시골을 떠나 도시로.... 잔뜩 쫄아 있습니다. (^^)

    책상정리라도 하지않으면, 신경써야 할일이 많아서요. relocation fee를 준다고 해서, 모아놓은 논문출력물까지 싸그리 다 가져가려구요. 그러다 보니, 내가 그간 정리를 잘 못한게 아닌가 생각이 되더라구요. 그래도 랩에서 최고의 anal이라고 불리는데 말이죠...

  • AIRE ()

      인쇄해서 안보면, 머리에 안들어 오더라구요. 앞으로는 어느정도 motive가 생길테니 (돈을 아껴야 되니까...), 화면으로 보는 걸 다시한번 시도해 볼까 합니다.

  • -_-; ()

      앗.. 남부 도시로요? 나중에 제 포닥자리나 하나 어떻게...ㅋㅋㅋ(아래 있는 한국인식 엉겨붙기인가... -_-;)

  • -_-; ()

      저도 아주 중요한게 아니면 프린트는 안하는데 심지어는 모아놓지도 않고요.. 뭐 쓸 때는 생각나는대로 썼다가 나중에 레퍼런스 껴놓고... 지도교수가 표절에 안걸리려면 프린트물 치워놓고 생각나는대로 쓰는 방법이 최고라고....

    근데 이제 뇌가 늙어서 저도 다른 분이 좋은 방법을 알려주시면 해볼까 하네요..

  • 돌아온백수 ()

      좋은 방법 이라.... 제가 쓰는 방법은....

    1) 서랍이나 서류함 같은 거를 쓰지 않는다.
    2) 책상을 조금 넓은 것으로 위에 펼친다.
    3) 계절이 바뀔때 마다, 보지 않거나 만지지 않은 서류나 샘플은 모두 버린다.
    4) 애플로 컴퓨터를 바꾼다 (애플 메일 사용). 외장형 하드디스크를 연결하여 매일 백업받는다.
    5) 중요한 노트는 웹하드 (구글)과 연동시킨다.

  • 준형 ()

      저도 출력을 안 해 본지 꽤 오래 됐네요. 전 그냥 DOI 번호으로 파일 이름을 저장 시키고, 구글 데스크탑으로 필요할때 마다 검색 해서 씁니다. 필요한 부분만 출력 시키구요.

  • AIRE ()

      음... 정말 결론은, 더이상 출력해서 안보는것 이군요.

    이상하게 저는 한번 본 논문을 또 봐야 될때가 많더군요. 출력해서 날짜 적고, 처음볼때 연필줄, 그다음은 빨간볼펜, 그다음부터 순서대로 노랑 형광, 주황형광... 이런순으로 동글뱅이 치면서 보거든요. 그때 그때 나름의 데이터 분석이나, 생각나는것등을 적어놓는데, 읽을때 마다 조금씩 perspective가 달라지는것도 보이고... 어떨때는 까먹고 있던 idea가 새로 나오기도 하구요. 옛날(?)에는 항상 chronological 하게 뒤에 읽었을때의 의견이 더 좋았었는데, 요즘 보면, 당시에 어떤일을 했었냐 라던가, 그때 어떤 논문들을 intensive하게 읽었었나 하는것들에 따라서 지금 읽는것과는 판이하게 다른 것들을 적어 놓기도 하더라구요.

    제가 만약 neuroimmunology쪽을 하게 되면, 이곳에서 (^^;)님을 찾도록 하겠습니다. 로그인 이름은 AIRE인데 정작 자가면역쪽 (MS, EAE)을 하는게 아니라서요....

  • dsl ()

      어차피 정리하는 방법에 왕도는 없는 법이니 계속 optimize 해 나가는 방법밖에 없는것 같습니다.  전 프로젝트 별로 페이퍼를 나눠서 정리해 놓습니다.

  • 돌아온백수 ()

      -_-;  님//
    바이오 쪽은 한국인이 워낙 많아서, 피하기가 쉽지 않으실 듯....

  • Simon ()

      뜨아...AIRE님 축하 드립니다 !!! 남부로 가시네요. 남부가 좋습니다 ! ^^

  • 돌아온백수 ()

      보스턴이 별로 인가요?

    살기는 남부가 좋겠지만, 그래도 보스턴이 여러모로.....
    아무래도 제가 사이먼님 위문 공연 함 해야 할듯......
    6월에 바쁘십니까?

  • -_-; ()

      돌백님// 아무래도 그렇죠... 아직 프로젝트가 지지부진해서 졸업을 언제할런지는 모르겠습니다만 남들이 포닥 간다니까 심심할 때 찾아보면 제가 관심있는 왠만한 랩에는 한명씩은 있더군요.... -_-;

    AIRE님// 님께는 축하드린다는 말을 아직 안했네요.. 축하드립니다. 황박 사건때 자꾸 삐딱선 타는 제게 중심잡는 말을 여러번 해주신 것도 감사드리고요.. (아부... -_-;)

    Simon님도 얼른 대박 터뜨리시고 남부로 컴백하시고요...

  • 준형 ()

      오, 돌백님 보스톤 방문 하십니까? 위문 공연 오시면 저도 껴주세요.

  • 준형 ()

      근데 남부가 덥지 않나요? 지난주에 루이지애나에 갈일이 있었는데, 아직 여름도 아닌데, 너무 더워서..

  • 돌아온백수 ()

      사이먼 님, 보스턴 행에 제가 좀 책임이 있는 바람에.....
    어차피 위문공연인데, 준형님도 참가해 주시면 더 신바람 나지요.

    제가 또 공공의 적이다 보니, 자세한 일정에 관한 건 쪽지로.....

  • -_-; ()

      저는 아직 긴팔 걸치고 다닙니다. 바다가 가까운데는 후덥지근 하겠지만 바다에서 좀 떨어지면 여름엔 땡볕만 내리쬐죠... 그늘아래 들어가면 시원하고... 온도로는 40도를 훌쩍 훌쩍 넘는데 땀이 안나서 한 10분 정도는 걸을만 하고요.. 저희집은 그래도 겨울이 여름보다 전기세가 더 나옵니다. 냉난방이 기본은 전기로 되거든요.. 0도 근처가 되면 가스가 도는데 그 가스비까지 합하면 겨울이 여름보다 두배는 난방비가 드네요...

  • -_-; ()

      아~~ 4개월째 하고 있는 실험이 오늘도 꽝인 관계로 여기서 죽치고 오후를 보내게 되는군요.... 흑흑

  • 준형 ()

      겨울이 없어도 살만 한가요?

  • 준형 ()

      음, 이러다가 글이 삼천포로 빠지겠습니다...

  • -_-; ()

      눈이 안와서 그렇지 겨울 있어요..ㅋㅋㅋ 조 위에 0도 근처로 내려간다고 써놨잖아요... 영하로도 내려갑니다. 제가 사는 곳은 요번 겨울엔 이상기온인지 두어번 눈이 왔습니다. 금방 다 녹아버렸지만..... 한 두어시간 가면 인공눈 받아놓은 애들 눈썰매 타기 딱 좋은 스키장도 있어요... ㅋㅋㅋ

  • 언제나 무한도전 ()

      다시 논문 검색으로 돌아가서, 저는 다음과 같은 방법을 이용합니다.

    1) mac으로 바꾼다.
    2) papers를 저렴한 가격으로 구입한다. 논문 검색, 저장, 인덱싱, 사이테이션 정보 자동 메치 등등등... 전자 문서 양식 저장과 사용의 혁명입니다. 읽은 논문들은 링크를 프로그램 내에서 주제별로, 혹은 출판한 논문 별로 묶어 놓으면 라이팅 작업시 무지 편합니다. endnote나 bibdesk와도 연동이 잘 됩니다.
    3) 어쩔 수 없이 복사를 해야 하는 저널은 년도 순으로 (별로 없어서)
    4) 하드 카피에 무언가를 적는데 저도... 그런 것들은 중요 논문이라서 주제별로 따로 모아둡니다. 이 버릇도 요즘은 그냥 컴퓨터에서 서서히 하고 있습니다. 문제는 스케치인데, 이것도 마우스팬 이용해서.

    여하간 직장 잡으신 것 축하드립니다.

  • AIRE ()

      dsl님께서 말씀하신 방법...  (계속 optimize 해 나가는 방법) 이 좋은것 같습니다. 수십년간 해온 버릇이 갑자기 바뀔것 같지도 않구요. 일단, 많은 분들이 출력하지 않고 보신다는걸 안것이 큰 소득인것 같습니다. (이렇게 유행에 뒤쳐져 있을수가...) 앞으로, 하는데로만 하지말고, 다른 것들도 많이 물어 봐야 겠군요. 좋은 이야기들 감사 드립니다.

    아쉽게도, Tenure track을 보장 받은 (tenure 보장 아니구.. 하하), non-tenure track 조교수로 가게 되었습니다. 2년 계약종료후, 5년 tenure track으로 넣어 준다는군요. 무엇보다, 그곳 center 장의 perspective가 맘에 들었습니다. 전체적인 분위기도.... 동부 특유의 빡빡하고 관료적인 분위기도 아니고, 그렇다고 서부 특유의 즐기자 분위기도 아니고.... 중부처럼 널널한 분위기도 아니고... 뭐랄까, 뭔가 해보고자 함이 충만한..... "one of the best를 넘어서서, World Best가 되려고 한다는..." (속아서 가는지도 모르지요..). 무엇보다, translational study를 함에 있어서 신념차이랄까... 제가 지금 있는 곳은 연구는 연구고, 질병은 질병이고...뭐 이런 분위기 입니다만,  옮기는 곳은 정말 연구를 이끄는 사람들이 뭔가 바꿀수 있다고 믿더군요. 리더의 신념차이에서 오는 그 밑의 사람들의 역동성 차이랄까....

    Career path를 생각하기 보다, 꼭 한번 몸담아 보고 싶은 분위기라서.... (tenure 받기가 힘들수도 있을것 같거든요.... 빡센 학교라...), 앞뒤 가리지 않고, 간다고 해버렸지요. (^^) Academia에 남은 여러명의 랩 멤버중 가장 적은 임금이라는.... 같이 잡 잡은 캐나다로 떠나는 제 중국인 동기는 정말 저의 2배를 받더군요 (CAD가 최근 강세인 이유도 있지만...).

  • 돌아온백수 ()

      무한도전 님//

    papers 이거 쌈박하네요. 이런 유용한 정보를.... 이거야 말로 Mac 레어퍼드와 시너지 만배!

  • d.hong ()

      저는 BibDesk로 논문을 관리합니다.
    BidDesk도 업데이트가 계속되다보니, 꽤 괜찮습니다.

  • Simon ()

      돌백님/쪽지 드렸습니다. 일정이 결정되면 다른 분들께도 알려드립니다.

  • 예진아씨 ()

      전 아직도 프린트 해서 봅니다. 이유는 파일로 저장하긴 하지만, 논문을 종이로 보면서 컴퓨터 스크린에서는 그 논문에 나온 이론을 간단하게 구현해 보거나 지금 쓰고 있는 논문이나 레포트의 related works 에다 정리할 수 있기 때문이죠. 스크린 자리를 안 차지하고 마음대로 넘겨볼 수 있으니 아무래도 편하던데요.

    활자인쇄물을 읽는 데 아직까지 종이를 대체할 디스플레이는 없다고 생각합니다.

  • november ()

      저는 웹으로 논문 검색해서 쉽게 저장하는 방법으로는 firefox 웹브라우저와 zotero 플러그인을 이용합니다. (리눅스를 데탑으로 사용하는 관계로 firefox만 쓰는데, 윈도우즈용 firefox에서도 될 겁니다)

    zotero(이거 발음이 좀... -_-)는 많은 IEEE를 비롯한 많은 논문 사이트에서 해당 페이지의 서지정보를 자동으로 인식해서 사용자가 원할 경우 한 번의 클릭으로 저장하고, 원문 접근이 가능한 경우라면 pdf 파일까지 자동으로 저장해줍니다.

    사용자가 태그를 지정해서 분류할 수도 있고, 저장된 논문들에 대해 태그나 제목, 저자등 많은 검색어로 검색이 가능합니다.


    참고:
    zotero 홈페이지 https://addons.mozilla.org/ko/firefox/addon/3504
    한글로 된 설명 <a href=http://cliomedia.egloos.com/1156451 target=_blank>http://cliomedia.egloos.com/1156451</a>

  • Wentworth ()

      이전부터 zotero는 한국인이 만든게 아닐까 하는 생각이. --

  • 난머지? ()

      저도 꼭 출력해서 봅니다.... 다양한 형광펜과 볼펜으로 밑줄을 그어가면서 보는 스탈이라서리...^^
    물론 요즘 논문에 칼라풀한 그림들이 포함되는지라 중요 그림은 화면에 확대해서 띄운 후에 보곤 합니다...

  • Dr.Evil ()

      endnote X에는 아예 pdf를 어태치하는 옵션이 생겼어요.

  • 서시 ()

      대단한 내공들 속에 어줍찌 않은 경험담을 적어도 될까 모르겠어요.

    PDF로 대부분 읽습니다만 중요하다고 생각되면 출력합니다. 인용할 문구나 중요하다고 생각되는 문구에는 색칠하구요.

    자잘한 돈 걱정이 없어서 간이 부었었나봅니다.

    여기서 많은 이야기를 듣네요. 신세계를 보는 듯 ^^

    다만 아직도 맥북조차 익숙하지 않아서 힘드네요.

    곁다리로 맥에서 phylogenetic analysis하시는 분들 대체 어떤 프로그램 쓰십니까?

    윈도우 기반에서 제가 사용하는 프로그램들은 기본적으로 맵그리고 enzyme site보고 할 때는 Clone Manager라는 프로그램을 쓰구요.

    Sequencing data를 볼 때는 Invitrogen사의 Vector NTI를 사용합니다.

    여기서 정리해둔 데이터들은 Fasta format으로 바꿔서 Bioedit에서 정리하구요.

    Clustal X와 Lasergene의 Megaline으로 돌려봅니다.

    그림은 Treeview로 보구요.

    다른 것들을 찾아보려고 헤메다가 최근에 BioNJ와 다른 parameter들을 사용할 수 있는 phylowin이라는 프로그램을 찾아서 보고 있습니다.

    다른 분들은 어떻게 하세요?

  • XXX ()

      서시님//  이미 아실지 모르겠지만, PAUP이란 프로그램이 phylogenetic analysis에서는 아주 대표적인 프로그램중에 하나입니다.  <a href=http://paup.csit.fsu.edu/index.html target=_blank>http://paup.csit.fsu.edu/index.html</a>
    유료이긴 하지만 가격은 저렴합니다.

    phylogenetic analysis의 어떤 분석을 하시느냐에 따라 다른데, phylip, MrBayes, PAML 등도 많이 쓰입니다.  대부분이 무료이고 맥/윈/유닉스 버젼에서 돌릴수 있는게 상당수입니다.  아래사이트는 phylip을 개발한 사람이 만든 사이트인데 참고 하시길..

    <a href=http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html target=_blank>http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html</a>




  • XXX ()

      서시님// 가격이 저렴하다고 써놓고 한번 클릭해보니 맥버젼은 US$100이나 하네요.. 가격 저렴하다는 말 취솝니다.  몇년전에 대량으로 구입했을때 기억을 더듬어서 저렴하다고 했는데.. 그사이 많이 올랐나 봅니다...  PAUP로 할수 있는 analysis중 거의 전부가 다른 무료프로그램으로 할수 있으니 구입이 망설여지면 다른 프로그램을 쓰시면 됩니다.

  • 서시 ()

      XXX님// 감사합니다. ^^

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