과학기술 기반회사2

글쓴이
이공계2
등록일
2002-04-12 14:03
조회
5,771회
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두번째, 우리나라에 있으면 하는 회사는 역시 미국의 기업인 "Accelrys",
이전 이름이 msi 입니다.
이 회사 역시 아시는 분들에겐 너무나 유명한 회사 인데, 개인적으로
5년전에 이 회사 프로그램을 접하고 프로젝트를 하면서 가히 충격적이었다고 기억이 됩니다.

이 프로그램은 화학과 관련된 원자 단위의 시뮬레이션 프로그램입니다.
혹시 여러분들 중에 DNA, RNA, protein 의 알록달록한 3차원 구조 그림을 원하신다면,
이 프로그램에서 받으면 됩니다. 현재는 다른 프로그램들이 많겠지만..
이 시뮬레이션의 예를 들라면 항생제를 예를 들수 있습니다.
항생제란 prokaryote 리보좀에 붇어서 transcription을 막아서 세균을 죽이는
역할을 하는 화학물질인데, 대게 14나 18 원자링의 lactone구조에 functional group이 달려
있습니다. 재미있는 것은 이 큰 화합물들이  functional group에 따라서 링구조가 실제로는
많이 distortion 되었다는 것인데, 쉽게 설명 하자면 cyclohexane 류 화학물이
유기화학책에서처럼 chair와 boat form 두가지로 되어 있다라고 하지만, 
functional group이 bulky하다면 실제 링 모양은 다를 수 있다라는 사실입니다.
이런 사실은 유기물 자체를 crystal 화 하여 XRD 로 해석이 가능한데, 그런 데이타 베이스는
캠브리지 데이타 베이스에 있습니다. 구조를 다운로드 받아서 이 프로그램에서
3차원 구조를 구현하고, 역시 3차원으로 된 rRNA 의 구조에 우리가 임의로 디자인한 항생제를
분자레벨에서 접합을 시켜서 약효를 가늠할수 있는 것이 됩니다. 참으로 놀라운 일이지요.
하지만 시뮬레이션은 시뮬레이션 이긴 합니다. 접합시키는 방법은 통계열역학에 근거하여
합니다. melt, annealing 과정을 거쳐서 binding minimal energy 를 얻는 것입니다.
문제점은 실제 상황은 액상일 텐데, 시뮬레이션 상에서는 물을 첨가하기가 곤란합니다.
하여간, 이럼으로써 우리는 약을 임상에 들어가기 전에 약효를 대강 가늠 잡을수 있고,
나아가 drug design이 가능해 지고 유기화학자의 수고를 덜수 있게 됩니다.
전산학, 통계 열역학, 화학이 결합된 작은 결정체라고 생각됩니다.
그리고 이외에도 application 분야가 무궁무진합니다.

영국의 글락소가 잔탁이란 약 하나만으로 전세계 2조 이상의 매출(혹은 순익)이 있다는 생각을
해보아도 이런 회사를 만들어서 키워야 한다고 생각하는데, 자꾸 허무맹랑한 소리하는건
아니었으면 좋겠습니다.
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