생물학 전공자를 위한 컴퓨터 언어를 문의합니다 (Peal, Matlab)
- 글쓴이
- 대학원생3
- 등록일
- 2012-09-25 04:00
- 조회
- 6,293회
- 추천
- 0건
- 댓글
- 8건
관련링크
생물학 전공자가 배워야할 컴퓨터 언어에 대해 문의드립니다.
저의 background는 컴퓨터를 전혀 모르는 전통적인 생물학을 공부해온 연구자입니다.
연구를 진행하다보니 microarray나 proteomics를 하게 되었는데, 이 큰 data를 제가 직접 process하고싶은 욕구가 생겨 문의드립니다.
지도교수님으로부터는 perl이라는 언어를 배워보기를 추천받았고, 검색결과 Matlab역시 유용한것으로 판단하고 있습니다.
당장 해보고 싶은 간단한 분석들은 제가 관심이 있는 100여개의 genes들의 특성을 '전체 유전자 풀'과 비교하는 것인데요,
간단한 예로는 데이터베이스가 raw values로 이미 모두 갖추어져있다는 전제 하에 관심있는 유전자 100개의 길이와 나머지 전체 유전자 sequence의 길이를 비교 (실제로 한다는 것이 아니라 예를 쉽게 들기위해^^;;) 하는 식의 작업을 하고싶습니다.
어떤 언어를 공부하는 것이 가장 효율적인지 조언을 구하고 싶습니다. 현재 관련 언어 프로그램은 리눅스기반의 컴퓨터에 구비되어 있다고 하고, 제가 access할 수있는 상황입니다. 하지만 저는 리눅스가 뭔지도 모르고 관련프로그램도 이름만 얼핏 들었지 한번도 실행해보지 못한 문외한입니다.
도움 주셔서 미리 감사드립니다. 직접 답변주셔도 무방하고 관련 서적이나, 웹페이지등 제가 참고할만한 어떤 정보도 감사히 여기겟습니다.
다른 사람들 의견
-
예진아씨
()
F#, Haskell 등을 공부하시는 것이 좋을 듯 합니다.
F# 같은 경우에는 관련 서적도 있고요 Haskell은 그쪽 학계에서 이용하는 사람들은 있는데 아직 정리된 책이 나온 건 못봤습니다
<a href=http://www.amazon.com/F-Scientists-Jon-Harrop/dp/0470242116 target=_blank>http://www.amazon.com/F-Scientists-Jon-Harrop/dp/0470242116</a> -
예진아씨
()
Haskell의 경우 최근 컴퓨터 과학쪽 학회에 computational biology하는 사람들이 쓴다고 사례보고도 나오고 있고요.
발표 동영상 <a href=http://www.youtube.com/watch?v=Z20oq5A7ecg target=_blank>http://www.youtube.com/watch?v=Z20oq5A7ecg</a>
사례보고 논문 <a href=http://www.eecs.tufts.edu/~ndaniels/Noah_files/mrfy_experience_report.pdf target=_blank>http://www.eecs.tufts.edu/~ndaniels/Noah_files/mrfy_experience_report.pdf</a> -
권석준
()
직접 알고리듬을 짜고 프로그램을 만들어서 계속 유지보수해야 할 정도의 작업이면 처음에는 시간이 걸리더라도 C/C++ 등을 배우시길 원하지만, 단순히 numerical analysis, large data set statistical analysis 정도를 원하시는 정도라면 Matlab도 좋습니다. Matlab은 미국에서 많이 써서 그런지, 일단 유용한 library가 많고요, bIoinfor에 관한 소스들도 비교적 풍부한 편입니다. Matlab이 상대적으로 배우기는 어렵지 않으나, 고급 스킬을 요구하는 부분으로 갈 수록 공부량이 많아지긴 합니다. 큰 문제 하나를 어떻게 Matlab으로 해결하는지 이해하실 수 있다면 Matlab으로 시작하시는 것도 추천합니다.
-
대학원생3
()
아씨님//답변주셔서 감사합니다 올려주신 자료는 읽어보도록하겟습니다
권석준님// 프로그램을 만들어서 유지보수하는것은 아닙니다. collaboration하는 bioinformatician이 있어서 어려운 작업은 그분에게 부탁할 수 있습니다. 하지만 제가 그 데이터를 분석해보아야 일이 어떻게 돌아가는지 이해를 할수있을것 같아서요, 지금으로서는 단지 방대한 양의 데이터를 제가 원하는 방향으로 analysis를 하고싶은 수준입니다.
또한 bioinformatician분들은 생물학의 background가 약해서 이렇게 해달라고 하면 다르게 해주거나, 왜 이작업이 중요한지 이해를 잘 못해서 주요 정보가 missing되는바람에 다시 analysis를 해야하는 등 문제점이 있었습니다. 그래서 아! 내가 이거할수있으면 이렇게 이렇게 해서 결론이 이렇게 났을텐데! 하여 직접 분석을 해보고 싶은 욕구에,, 가장 기본적이면서도 컴퓨터의 문외한이 배워 쉽게 응용할수 있는 프로그램을 배우고자 질문드렸었습니다. 그럼 말씀해주신대로 Matlab을 공부해보도록 하겟습니다 답변주셔서 감사합니다^^ -
행운아
()
Matlab 추천
-
날고싶은정출연
()
생물학 전공 베이스이고 생물정보학 10년 경력자입니다. 그냥 다음과 같이 하시면 됩니다.
일단 남는 컴퓨터에 운영체제로 Windows 대신 Linux 까시고 거기에 익숙해지세요. 운영체제는 배운다기보다는 날마다 사용하면서 그냥 익숙해져야 합니다
언어는 데이터 파싱용으로 Perl, 수치해석용으로 R, 이렇게 둘만 하면 됩니다. 생물정보학용 수치해석 언어로는 Matlab 보다는 R 이 백만배 더 많이 쓰입니다. 다른 언어는 생각 마세요. -
대학원생3
()
행운아님, 정출연님/ 답변주셔서 감사합니다. 리눅스 기반의 컴퓨터가 있는데 최근 다른 곳으로 옮긴 bioinformatician중 한명이 원격으로(?) 사용하고 있다고 합니다. 꺼져있는 컴퓨터를 어떻게 원격으로 사용하는지는 이해가 잘 안가지만^^;; 이 컴퓨터를 제가 먹을수 있을것 같아요
perl은 mac에 들어있다길래 실행해보았고 CRAN 에서 modules를 까는것까지 해보는데 하루왼종일 걸렸습니다. perl부터 배운 후 그다음 R/Matlab으로 진행해보는 방향으로 하겟습니다. Matlab은 유료인데 이미 랩에서 license를 구매한상황이므로 함께 배우면 좋을것 같다고 누가 말해주네요^^ 답변이 많은 도움이 되었습니다 -
푸른등선™
()
초보자 입장에서는 C++/C/Java까지 갈 필요도 전혀 없습니다. R/Perl or Python이면 거의 모든 것이 다 됩니다....
