혹시 추천해 주시는 책이 있다면 저도 좀 참고 하고 싶네요..^^

  알라딘에 알아보니 한글로 된 책이 3권 정도 보이네요.
한권은 Kawazoe라고 동북대 교수로 있는 사람의 책을 번역한 것이고 또 한 권은 김상락 교수라는 분이 쓰신 책이군요. (근데 대우 학술총서라서 조금 어려울 듯 합니다. 대우 학술총서 중에 쉬운 책을 못봤거든요. -_-;;)

제가 보기에 위의 두 책은 모두 물리 또는 재료로의 응용을 염두에 두고 쓴 책인 것 같습니다. 화학이나 생물 쪽의 응용을 염두에 두지는 않은 것 같군요.

참, 전공이 어떤 쪽이세요? 물리나 재료쪽이라면
다음 사이트에 있는 Molecular Dynamics Primer가 입문서로는 좋습니다.
<a href=http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/ target=_blank>http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/ </a>

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영어로 된 책은 좋은 책이 상당히 많습니다만 한글로 된 책은 그렇게 많지 않은 것 같습니다.