바이오 프로그래머?

글쓴이
햇살처럼
등록일
2010-05-23 10:20
조회
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17건
"FIRST SELF-REPLICATING SYNTHETIC BACTERIAL CELL"

http://www.jcvi.org/cms/research/projects/first-self-replicating-synthetic-bacterial-cell/overview/

폴리머 이후 최대 이벤트가 아닐까 생각합니다.

이 사람들 어디까지 갈려는지...

다음세대에는 바이오 프로그래머란 직종이 생길까요?



최근 (5~10년) 사이 바이오쪽의 이벤트가 참 많은거 같습니다.
줄기세포(ESC, ASC, iPS), 게놈프로젝터, 그리고 Synthetic Cell.

윤리적 종교적 문제로 아옹다옹(?)하는 하지않고 어디 갈때까지 갈 수 있기를 바랍니다.
저희 세대에서 어디까지 이룰 수 있을런지 궁금하네요.



지금 Hot Topic 이라고 생각되는
Stem Cell, CNT, Energy, Fuel Cell, 그리고 LHC 등등
재미있는 일들이 많이 있네요.

최초 프로포잘 쓴 사람이 누구던간에 또는 정책 방향이 무엇이던간에...연구란게 돈 모이는곳에서 결과가 나오는 것이겠죠?



TED.com에서 Craig Venter의 강연을 보시려면 ...
http://www.ted.com/talks/lang/eng/craig_venter_unveils_synthetic_life.html

논문은 여기에...
http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/science.1190719v1

  • -_-; ()

      음.... 18년 전에 친구들과 미래에 우리는 Cell designer 가 되자고 얘기했던 일이 기억나는군요.... 지금은 다들 그 꿈과는 멀어져있긴 하지만...ㅎㅎ 글쎄 뭐 벤터의 이번 논문은 그다지 크게 부각되지는 않는 느낌입니다. 그저 다른 기술을 하나 개발한 정도... 이미 존재하는 Genome을 바탕으로 했기 때문인데요... 마치 화학에서 전합성을 하느냐 반합성을 하느냐 정도의 차이고 결국 어떤 방식을 택하게 되는지는 얼마나 경제적으로 효율적인가 또는 상대기술이 할 수 없는 것을 할 수 있는가에 달려있겠죠...

  • 햇살처럼 ()

      네... 기존의 존재하지 않는 새로운 생명체나 종을 만든건 아니라는 말씀으로 이해하겠습니다.

    제 생각으론 오래전부터 예견되어온 Smart Dog나 말씀하신 Cell designer를 위한 이제 그 철발을 내디딘건 아닐까 생각합니다.

    저는 이 첫발자국이 주는 의미가 단순한 합성의 수준이나 인간이 만든 첫번째 인공세포(물론 완전한 인공이라고 말하기엔 이릅니다만)가 아닌 나중에 가져올 파장을 생각하고 있습니다.

    새로운 문을 열었다고 생각합니다.
    석기에서 청동기, 철기에 비할바는 아니겠지만
    폴리머의 발명과 견주고 싶습니다.

    경제적또는 효율적인 측면이라면 상업화을 염두해 두고 하신 말씀이신지 또는 다른 의미(Venter의 방법외의 다른방법)인지는 모르겠지만 앞으로 여러다른 분야와 함께 또는 또 다른 방법으로 문제해결이 되리라 생각합니다.

    물론 우리 세대에서 우리 생활에 직접 영향을 주는 어떤 결과물이 나올런지는 모르겠네요.

    언젠간 우리나라에도 Craig Venter 같은 사람이 나오길 기대해봅니다.
    우리 다음 세대에라도요.

  • -_-; ()

      벤터와 인공세포에 대해서 검색해 보시면 그 히스토리를 쉽게 아실 수 있을테고요..

    이번 발표의 핵심은 화학적으로 합성된 genome을 이용했다는 것입니다. 화학적으로 합성된 genome을 이용하지 않는 방법은 얼마든지 있습니다. 가장 잘 알려진 것은 황우석 박사 때문에 유명해진 체세포 복제지요.. 이종간 체세포 복제를 생각해 보시면 되겠네요...

    화학적으로 합성된 DNA를 이용함으로써 생길 수 있는 파장은 명확합니다. 시험관에서 마음대로 조작할 수 있다는 것입니다. 아시다시피 현재에도 생명체의 Genome에 많은 조작이 가능하지만 시험관에서 합성하듯이 쉽게 조작되지는 않습니다. 여기에 단서가 달리는 것입니다. 시험관에서 합성하듯이 쉽게라는 것이 과연 얼마나 쉽게냐는 것이고 얼마나 경제적으로 얼마나 효율적으로 이루어지는가를 내포하고 있는 것이죠..

    반대 편에서는 세포 내에서 쉽게 조작을 가하는 방법들도 계속 진일보하고 있습니다. 과거의 제한된 시험관 내에서의 조작을 넘어서서 세포 내에서 원하는 특정 부위를 마음대로 잘라내고 붙이려는 시도들이 이루어지고 있지요.. 여기서 또 저 마음대로라는게 얼마나 마음대로냐는 의문이 생기겠지만요..

    고전적인 그리고 이미 존재하는 생물의 시스템을 이용하는 방법과 순수하게 시험관 내에서 합성된 물질을 이용하는 방법.. 지금으로서는 일목요연하게 비교할 수 없지만 각각 장단점이 있을 겁니다.

    다시 말하자면 제 기준에서는 인공세포란 것들은 꾸준히 만들어져 왔습니다. 다만 완전히 화학적으로 합성된 genome이냐 아니냐의 차이죠...

  • -_-; ()

      각각 장단점이 있으므로 각각 필요에 따라 발전하겠지요..

    자... 한가지 예를 들자면 지금으로서는 불가능하지만 벤터의 방법이 더 진보하면 생명체는 이제 그냥 문서나 데이타로 보관될 수도 있습니다. 무슨 말이냐고요.. 그냥 Genome 서열만 알고 있으면 굳이 종자보관소 같은 것을 운영할 필요가 없는 날이 올지도 모른다는 얘기죠... 이런 건 지금 존재하며 발전하고 있는 고전적인 방법으로는 불가능하죠... 물론 현재로서는 벤터의 방법으로도 불가능하지만 말씀하신대로 가능성은 열어주었죠...

    반대로 벤터의 방법만을 이용한다면 무엇을 하든 언제나 새로 처음부터 끝까지 합성을 해야겠지요... 아주 빠르고 아주 쉽고 아주 싸다면 벤터의 방법은 고전적인 방법을 없애고 대체할 것입니다. 하지만 그렇지 않다면 공존하거나 경쟁할 것이고 오히려 고전적인 방법이 벤터 방식의 그런 불편합을 없애줄 수도 있습니다.

  • -_-; ()

      그리고 벤터의 방식은 현재로서는 너무 많은 부분을 기존에 존재하는 생물의 시스템을 이용하고 있습니다. 즉, 모두 합성하긴 했는데 조각 조각 합성하였고 그 조각들을 이어 붙이는데 기존에 존재하는 생물의 시스템을 이용합니다. 그렇게 기존 시스템을 이용해서 붙여진 genome을 이식하는 것이죠.... 화학을 잘 모르지만 이 부분은 쉽게 극복되기 어려울 것으로 보입니다

  • -_-; ()

      논문을 보니 극복할 생각이 없군요.......

  • 햇살처럼 ()

      말씀하신 님의 관점에서의 인공세포란것이 언급하신 이종간 세포복제나 혹은 iPS cell 등을 말씀하신것인지 그리고 기존의 방법/기술이라는것이 그에 관련된 기술을 (ㅤㅃㅒㅤ내고 다른거 넣고? 또는 짤라내고 다른거 붙이고? cloning?) 언급하신것인지는 모르겠습니다만 기존의 Cell Modification 이나 Differentiation Control 방법과 Craig Venter의 접근 방법에는 본질적인 차이점이 있으니 말씀하신것처럼 그에 따른 장단점이 있겠지요.

    이제 새로운 문이 열었으니 나머지는 여러 사람들이 길을 만들어 가지 않을까 생각합니다.

    경제성과 효율성에 관한 문제는 아직 언급하기엔 이르지 않을까 생각합니다. 아울러 limitation이 존재하지 않는 기술은 없겠지요. 그리고 limit 이라고 생각했던것들은 (이제까지 그래왔듯이) 언젠가는 많이 극복되리라 생각합니다.
    또는 기존의 방법들과 공존하거나 대체하리라 생각합니다.

    근데...컴터를 이용한 Whole Genome의 합성이 존재했었나요?

    Craig Venter 논문들이 또는 업적이 얼마나 인류에 공헌하게 될런지는 두고봐야 알겠죠.
    아... 무엇보다도 Craig Venter와 같은 결과물들을 내놓는 사람들이 계속 나오길 기대합니다....우리나라에서두요.

  • Hallo ()

      Synthetic Biology는 이미 활발한 연구주제로 자리잡았습니다만 아주 간단한 미생물들을 제외하고 복잡한 생명체들을 지금 갖고 있는 지식과 기술로 "디자인"하겠다는 것은 요원한 일입니다. 관심있는 분들께 Louis Serano와 James Collins의 리뷰들을 권합니다. 크레이그 벤터같은 경우는 장단점이 있습니다. 긍정적인 것은 황우석처럼 대중에게 어필할 수 있는 일을 한다는 점이고. 그래서 바이오에 돈을 갖다바치는 작금의 행태에 기여하고 있구요. 부정적인 것은 마치 바이오가 뭐든 다 해결해 줄 것 같은 이미지를 심어준다는 것과 다른 학문 분야의 소외를 가져다 준다는 것입니다.
    당장 내년도 녹색산업분야로 합성생물학이 들어가지 않으란 보장이 없지요. 그럼 또 비전문가들 몇이서 국책과제 맡아서 십년정도 죽쑤다가 조용히 유야무야되리란 보장이 없습니다.

    순전히 개인적이고 논란의 여지가 있는 의견은 바이오가 극복해야할 근본적인 문제는 종사자들이 과학적 방법론과 문제의식을 더 가다듬어야 할 필요가 있는데 마구 쏟아져나오는 인력들로 인한 학문전반의 질적 저하로 인해 점점 복잡한 문제에 대한 해결능력이 감소하고 있다는 것입니다. 물론 일부 엘리트 그룹들의 연구능력은 대단합니다만은 전반적인 자원의 낭비가 심각합니다.

  • 햇살처럼 ()

      네..분명 바이오가 만능이라고 생각하게 한다면 잘못이겠지만 긍정적측면이 더 많은것임에는 분명한것 같습니다. 일단 첫발은 잘 내디딛것 같네요.

    필요하다면 Synthetic Biology분야가 국책산업분야로 들어가야겠지요. 제가 이 분야의 전문가가 아니라 한국내 관련분야의 전문가가 얼마나 있는지는 모르겠지만 가능성있는 분야라면 당연히 투자가 되어야겠지요. 산업화로의 가능성에 관해서라면 ... 우리 세대에서 얼마만큼의 실질적 결과가 있을런지는 모르겠습니다.
    하지만 원천기술이 없다고 말하면서 새로운 분야(Synthetic Biology가 완전히 새로운 분는 아니지만요)로의 투자가 없다면...흠.
    물론 성공 가능성이 큰 또는 직접적인 경제 파급효과가 있는 분야로의 투자가 우리나라같은 작은 국가(?..국가 연구비관련)에서는 지향 해야겠지만..실패를 두려워 한다면 언제나 제자리걸음이 아닐까 생각합니다.

    한국에서 세미나를 할때나 과학 정책관련 토론을 할ㅤㄸㅒㅤ마다 느끼는 점은 단기적인 결과물 또는 산업화에 중점적인 관심이 있는것 같습니다. 관련 분야 전문가이든 비전문가이든 또는 국가연구소나 학교에서조차 당장 돈되는것만 본다는거죠. 뭐 과제따기 쉬우니 그런지 어떤지는 잘모르겠습니다. 어찌보면 한국이 강한점은 이제까지 그래왔듯이 산업화 또는 생산성이였기에 그런게 아닐까 생각해봅니다. 또한 국가 정책의 영향이 크겠지요. 20년이상 외쳐왔던 기초과학분야의 진정한 육성은 언제될려는지...

    돈 나눠주는 기관이 잘못되어 있으면 또는 정책방향이 잘못되어 있으면 배가 산으로 가겠지요. 뭐 한국은 그 분들이 그 분들인것 같은지라... 참 쉽지 않은것 같습니다. 미국도 어떤면에서는 별반 다른것 같긴 않지만요. 대가들이 모여 방향정하거나 미리 이끌어 가거나... 대가의 대가들이 독식하거나... 인맥따라 과제 따거나.  근데 대가들은 보통 최소 5~10년정도 먼저 시작하는것 같긴합니다. 당췌 그런 눈은 어떻하면 가지는지...그런 큰 그림은 우째 그리 잘 그리는지.

    개인적으론 그간 Craig Venter 연구들은 우리 다음세대를 위한 도전이 아닐까 생각합니다. 돌리가 나왔을때도 여러 휘황찬란한 참으로 아름다운(?) 미래 생활상을 보여주곤 했었으니깐요. 물론 그 반대 여론도 많았지요. 뭐 돌리는 돌리일뿐 -ㅋ. 하지만 돌리의 출현은 아직 10년도 되지 않았고 그 출현은 새로운 도전으로의 ignition이 되지 않았나 생각합니다. 물론 훨씬 전에 여러 다른 동물복제가 먼저 있었지만 대중에게는 그 만큼 영향력있는 성과물은 아니였다고 생각합니다.

    제 분야에 또는 경험에 한해서 말씀드리면 한국에서 나오는 논문들은 핵심적인 또는 원천적 접근이라기 보다는 변형된 방법으로의 기술적 논문이 대다수더군요. 제 개인적인  생각으론 머리좋은 사람은 참 많은데 좀더 근본적인 접근방법이 아쉬운것 같습니다. 이상하게 아시아쪽 논문은 그런 경향이 강한것 같습니다. 관련 인프라의 부족때문인지도 모르겠네요. 아..일본은 아직 잘 모르겠습니다...영어논문 발표가 적은것인지 어떤것인지 잘 모르겠습니다. 아무튼 저도 이런 새로운 분야로의 접근 또는 제 분야에서의 응용 가능성을 보고있는지라... 두고 볼 일이겠지요.

    30년 전과 지금의 상황을 생각해본다면 다음 세대에는 바이오분야가 우리 생활에 어떤 영향을 줄런지 기대됩니다.

  • Hallo ()

      일부 선도적 실험의 성공을 마치 대단한 것처럼 부풀리는 것의 문제는 생명현상의 근본적 복잡성에 대한 이해없이 단지 컴퓨터나 자동차처럼 생명현상을 설계하고 제어할 수 있다는 대중의 오해를 불러옵니다. 그래서 "생명 프로그래머"라는 식의 이야기가 나오는 것이지요.

    비근한 예로 제가 집에서 쓰는 로봇청소기의 경우를 보면 제대로 작동하기 위해 신경써야할 일이 많습니다. 틈에 낀다던지, 카펫 같은 설계상 고려되지 않은 물체들을 치워주어야합니다. 즉, 적당히 통제된 환경에서 로봇은 잘 작동합니다만 어떤 변수가 생겼을 때 더 이상 로봇은 대처하지 못합니다. 전자공학과 제어이론의 발전에도 불구하고 청소하나 안심하고 맡기는 정도도 안됩니다. 왜 일까요? 이게 프로그램을 잘 짜면 해결이 될까요? 다시 생명체로 넘어와보면 프로그램을 짜듯이 생명현상을 디자인 한다는 것이 얼마나 어처구니 없는 것인지 알 수 있을 것입니다. 칩안에서 돌아가는 논리적으로 엄정한 소프트웨어들도 조금만 복잡해져도 버그잡기가 쉽지 않은데, 생명현상은 바이너리 코드가 아니거든요. 근본적으로 Stochastic한 것입니다.

    제가 굳이 "생명 엔지니어"라는 개념에 환호하기보다 우려의 시선을 보내는 것은 생명현상을 다른 전통적 엔지니어링과 같은 수준의 지식과 도구를 가지고 충분히 원하는 대로 조절할 수 있을 것이라는 시선을 읽기 때문입니다. 그런 덕분에 생물학 대학원은 머리보다는 몸으로 때우는 곳이며 세포배양좀하고 클로닝좀 배운다음 그 엄청난 약속들, 암을 정복하고 노화를 방지하는 그 일들을 하겠다고 덤벼드는 곳이 되어버렸지요.
    마치 은행창구에서 텔러로 오년쯤 일한 행원들이 모여서 지구의 빈곤을 퇴치하고 공황문제를 해결하겠다고 프로포잘내고 서로 학회하고 그런거나 비슷한 거란 겁니다. 그리고 정부는 거기다 돈을 때려붇는 거지요.

    제가 생물하는 사람들을 비하하는 것은 아닙니다. 저도 젖은랩 출신이고요. 내부 비판이라 받아들여주십시오. 그리고, 크레이그 벤터의 일이 폴리머의 발견과 맞먹는다고 보시는 의견에 대해서는 이미 제한 효소와 pcr이 개발되었을 때 이번 일은 시간문제일뿐 가능한 상황이었다고 봅니다.

  • Hallo ()

      물론 바이오리액터로서의 대사공학이 성공적이듯이 벤터의 업적이 쓸모가 없다는 것은 아닙니다. 쓸데가 많죠. 그렇지만 지나친 과장과 띄우기는 자제해야할 것입니다.

  • -_-; ()

      논문의 디스커션을 읽어보세요... 제가 말씀드린게 다 들어 있습니다. 자기들도 알고 저도 알고 아무나 다 아는 얘기를 제가 드린겁니다.

  • 햇살처럼 ()

      네.. 두분 말씀 잘 알겠습니다.

    애초에 30년뒤 또는 우리 다음 세대에는 바이오분야가 어떻게 될런지... 하고 글을 올린건데...
    마치 택도 없는 소리고 허무맹랑한 꿈같은 소리로 혹세무민하지 말라는듯 하네요.

    저랑은 관점이 다른게 아닐까 생각합니다.

    믿거나 말거나 구글 및 네이버 등등...자료빵빵 인토넷 여기저기 둘러보니...
    플라스틱이 처음 생겨났을때가 대략 140년쯤 됐나요?
    폴리머가 75년?
    인공위성이 50년 맞나요?
    레이저가 50년?
    에니악이 60년?
    라이트형제 비행기가 100년전 12초 비행?
    처음 성공한 결과물은 참 볼품은 없었죠?
    나중에 어떻게 발전되고 쓰일런지도 잘 몰랐을거구요.

    Venter의 방법은 하나의 방법이고 시도겠죠.
    그리고 이런 하나의 시도가 첫 성공을 거두었으니 다른 시도들이 나오리라 기대합니다. 물론 앞으로 어떻게 될런지는 아무도 모르죠.

    제가 venter룰 우상화(?) 한다고 생각하시는 한데요
    아.. 그런건 아니고요...기술적 성공이나 남아있는 문제들(극복가능한지 아닌지는 일단 뒤로하고)을 얘기하는게 아니라... 그의 이번 성공이주는 의미가 제 개인적 생각에는 대단하다고 생각합니다.

    바이오가 얼마나 변화무쌍한 다이나믹한 분야인데...싱글 셀도 아직 이해 못하고 있는데.. 바이오 엔지니어?? 무슨 소리냐 하시는듯 한데...당연히 그렇죠.

    전문가분들이 30년뒤에도 가능성없다고 하시니..헐... 그럼 좀더 기다려보죠 뭐...한 100년? 200년?
    100년전의 과학기술을 연상해보면 뭔가 나올것 같기도 한데요.

    암튼 바이오분야가 앞으로(?)의 먹거리 아닐까 생각해봅니다.

  • 소피스트 ()

      바이오와 같은 신사업분야에서 수요를 찾아야겠지요.

  • Hallo ()

      바이오 좋습니다. 다만 제대로 하려면 쉽지않다는 게 제 지론입니다.
    신사업 = 바이오.... 갖고는 부족합니다. 삼성종기원의 박사들한테 이건희가 내놓라고 안했겠습니까? 결론은 카피약 만들어 팔자 입니다.
    생명체에 대한 심오한 이해, 철학없이, 기초과학에 대한 대대적인 투자없이 엔지니어링 마인드만 가진 사람들이 바이오를 갖고 뭘 할 수 있을 것이란 생각이 잘못되었다는 것이 제 지론이거든요.

    어쨌든 벤터의 성과에 대해서는 저보다 대가들의 의견을 읽어보는 것이 나을 것입니다.

    <a href=http://www.nature.com/news/2010/100524/full/news.2010.261.html target=_blank>http://www.nature.com/news/2010/100524/full/news.2010.261.html</a>
    <a href=http://www.nature.com/news/2010/100520/full/news.2010.255.html target=_blank>http://www.nature.com/news/2010/100520/full/news.2010.255.html</a>

    Nature에 실린 논평들입니다. 관심있으신 분들은 꼭 한 번 읽어보십시오.

  • 햇살처럼 ()

      Hallo님// 참 중요한 말씀이신거 같습니다.

    논란의 여지가 있기는 합니다만 수십억년동안 발전해 오고 최적화해온 생명/바이오를 단지 기술적/표면적 논리로만 접근한다면 앞 날은 어떻게 될지 모르겠지요.
    한편으론 평평한 지구를 믿었던, 기우제를 지내던 또는 마녀를 불 태우던 시기엔 그것이 진리였으니...

    철학이 바탕이 되어야 겠지요.

    생명이란 무엇인가에 대한 앞으로의 정의가 무엇인지 궁금합니다.

  • 푸른등선™ ()

      Hallo님 말씀이 맞습니다. 바이오는 결국 궁극으로 가면 철학과 연계될 수 밖에 없습니다. 테크놀러지의 영역만은 아니에요...아니면 아예 미시적으로 테크놀로지 차원에서만 놀아야 하는데 너무 정치적으로 바이오를 이용하려는 면도 있지 않나 싶군요....그래도 Fancy한건 인정할 수 밖에 없네요.^^

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